Ли Индастриз начинает заниматься биотехнологиями, и мистер Ли увольняет своих испытателей «за ненадобностью». Позже оказывается, что планы Ли имеют гораздо иные цели, чем научно-медицинские исследования и разработка новых фармацевтических препаратов. Ли движет навязчивая и извращённая идея улучшения мира — создание новой разумной расы существ, которая заменит прогнившее и беспомощное человечество, и приведёт планету к настоящему процветанию. На самом деле, Альфа Тимс служила прототипом такой расы — Ли тайно собирал образцы ДНК каждого из членов команды, обладающих теми или иными способностями, для создания их копий — армии клонов, с добавленными в генотип свойствами и способностями животных, что сделало их более сильными и интеллектуально развитыми. Ли уходит из корпорации, и закрепляется с первой, разумеется, не без дефектов, партией (пятёркой) клонов в убежище где-то в горных ущельях, развивая начатую кампанию, а новым главой Ли Индастриз и наставником команды становится член совета директоров, инвалид Гаррет. К команде A.T.O.M присоединяется девушка Каролина. A.T.O.M и лидер команды, Аксель Мэннинг, ведёт борьбу с клонами, главами преступных синдикатов, и таинственным ниндзя по прозвищу Дракон. Также Аксель расследует причину гибели его отца — Себастьяна Мэннинга, погибшего при взрыве бомбы во время выполнения задания совместно с Пейном. Далее выясняется, что Пейн и Себастьян в прошлом участвовали в секретном государственном проекте «Кризалис», руководителем которого был не кто иной, как мистер Ли.

Список серий:
01. Обман
02. Откровение
03. Все дальше вниз
04. Из морских глубин
05. Воскресение
06. Утечка мозгов
07. Поход с неприятелем
08. Спасение Пэйна
09. Кракен проснулся
10. Возможность выспаться
11. Сбой системы
12. Отцы и дети
13. Запрограммированный
14. Девушки из Бразилии
15. Игрушки Ли
16. Критическая масса
17. На орбите
18. Отцы и дети
19. Школа выживания
20. Однажды в зоопарке
21. Странная парочка
22. Тайный поклонник
23. Гиперреальность
24. Слуга двух господ
25. Замкнутый круг
26. Змеиный хвост