Этот мультсериал основывается на оригинальных комиксах Лэйрда и Истмэна и не имеет отношения к сериалу 1987 года. Злобные «мышероботы» Бакстера Стокмана нападают на девушку Эйприл О'Нил. Но в этот момент Черепашки Ниндзя приходят ей на помощь и она становится их подругой. Позже они знакомятся с Кейси Джонсом — Ночным Мстителем в маске. И вот так Черепашкам Ниндзя и их сэнсэю предстоит победить врагов и идти навстречу приключениям.

Список серий:
01. Всё меняется
02. Лучшая мышеловка
03. Нападение мышероботов
04. Знакомьтесь, Кейси Джонс
05. Нано
06. Тьма на окраине города
07. Стать невидимкой
08. Падший ангел
09. Мусорщик
10. Шреддер атакует. Часть 1
11. Шреддер атакует. Часть 2
12. Не герой
13. Байки подземелья. Часть 1
14. Байки подземелья. Часть 2
15. Байки подземелья. Часть 3
16. Король
17. Шреддер наносит ответный удар. Часть 1
18. Шреддер наносит ответный удар. Часть 2
19. Рассказы Лео
20. Охотник на монстров
21. Возвращение в Нью-Йорк. Часть 1
22. Возвращение в Нью-Йорк. Часть 2
23. Возвращение в Нью-Йорк. Часть 3
24. Рафаэль и малыш
25. В поисках Сплинтера. Часть 1
26. В поисках Сплинтера. Часть 2