Третья и финальная часть, рассказывающая о пяти девушках, которые, заключив контракт с инопланетным существом Кюбей, стали волшебницами. Сюжет фильма совершенно новый и является продолжением, а не ремейком, в отличие от предыдущих двух частей. Масштабно, зрелищно, динамично и ярко.

Как и в предыдущих фильмах, здесь будет изменение собственных миров, сражения и разветвление судеб. Ведьмы, как таковые, исчезли с лица земли, но есть те, кто ещё помнит о них, те, кто их по-прежнему ненавидит и Хомура, чья память не изменена, помнит прошлую реальность, и знает про некий «барьер ведьм». Соответственно, будут бои, будут противостояния и буду высокоморальные разговоры. Всё та же атмосфера, когда подруги друг за друга горой, дабы не дать подруге умереть. Как и предыдущие фильмы, здесь очень много маленьких ниточек, которые связываются воедино, в итоге приведя к двусмысленному финалу. Какие же чувства Хомуры к Мадоке приведут к тому, что её самоцвет души окрасится в тёмный цвет.