Действие происходит в 2015 году. За 15 лет до этого (13 сентября 2000 года) при таинственных обстоятельствах произошла ужасная катастрофа - всеобщее потепление или Второй Удар (после Первого Удара погибли динозавры). Растаяли льды Антарктиды, погибло три четверти человечества.

Секретная организация «NERV», действующая под эгидой ООН, создает Токио-3 - огромную военную базу. Задача Токио-3 - защита человечества от начавших появляться на Земле таинственных гигантских Ангелов или Посланников. Единственное оружие, могущее им противостоять - пилотируемые биороботы серии «Евангелион». Однако управлять «Евами» могут только подростки, зачатые после Второго Удара.

Первым боевым пилотом «Евы» становится четырнадцатилетний Икари Синдзи, сын руководителя «NERV» Икари Гэндо, - замкнутый и необщительный подросток, тяжело переживающий свое отдаление от отца. Схожими проблемами страдают не только другие юные пилоты, но и взрослые сотрудники «NERV», от которых их высокое начальство скрывает истинный смысл проекта - наступление Конца Света.