Алхимия - наука о преобразовании материи из одной формы в другую. Ее основное правило - ты можешь получить что-нибудь, лишь отдав взамен нечто равноценное. Эдварду и Альфонсу Элрикам, сыновьям великого алхимика, было всего 11 и 10 лет, когда они решили, что знают об алхимии достаточно, чтобы вернуть к жизни свою покойную мать. Но не зря на создание человека наложен запрет - братья потерпели неудачу и заплатили за свою ошибку страшную цену: Эдвард потерял ногу, а Альфонс был поглощен целиком. Лишь пожертвовав правой рукой, Эдвард сумел вернуть душу Альфонса и присоединить её к старинному доспеху.

Заменив утраченные руку и ногу металлическими протезами, Эдвард вместе с братом покидает родной городок, где поступает на государственную службу, дабы получить доступ к обширным ресурсам военных. Отныне братья еще отчаянней стремятся раскрыть тайну человеческого преобразования - теперь уже ради того, чтобы вернуть друг другу прежние тела. Цель их поисков - легендарный философский камень, который позволяет обойти принцип равнозначного обмена. Однако вскоре братья выясняют, что не они одни ищут философский камень, и что они ввязались в серьёзную игру.

Список серий:
1. Бросившие вызов солнцу
2. Запретное тело
3. Мама
4. Порождения любви
5. Скорость и автоброня
6. Экзамен на алхимика
7. Ночной плач химеры
8. Философский камень
9. Серебряные часы армейского пса
10. Загадочный вор Сирена
11. Долина щебня. Часть 1
12. Долина щебня. Часть 2
13. Огонь против стали
14. Правая рука разрушения
15. Резня в Ишваре
16. Потерянное
17. Дом, где ждёт семья
18. Записи Марко
19. За истиной скрыта истина
20. Душа стража
21. Алый блеск
22. Искусственные люди
23. Стальное сердце
24. Прикрепление воспоминаний
25. Прощальная церемония
26. Её причины
27. Учитель
28. Всё это одно, а одно это всё
29. Невинное дитя
30. Штурм южной штаб-квартиры
31. Грех
32. Данте из чащи
33. Ал в плену
34. Теория алчности
35. Встреча падших
36. Грешник внутри меня
37. Ведущий постоянную борьбу лейтенант. Загадка склада №13
38. Вниз по течению реки
39. Секрет Ишвара
40. Шрам
41. Святая мать
42. Не зная его имени
43. Бродячий пес в бегах
44. Светлый Хоэнхайм
45. Человек с гниющим сердцем
46. Человеческая трансмутация
47. Запечатывание гомункулов
48. Прощание
49. По ту сторону врат
50. Смерть
51. Мюнхен 1921