Сериал посвящён приключениям экспедиции с Земли, пришедшей через Звёздные врата в затерянный город древних - Атлантиду, расположенный в галактике Пегаса. Экспедиция прибывшая на Атлантиду вступила в контакт с культурами галактики Пегас, включая и новых врагов: рейфов, дженаев, а позже и асуранцев. При этом земляне стремились открыть и овладеть тайнами цивилизации древних, опережавшей по уровню развития их и все прочие цивилизации Млечного Пути и даже Асгардов.

Список серий:
01-02. Пробуждение
03. Игра в прятки
04. 38 минут
05. Подозрение
06. Конец детства
07. Отравленный источник
08. Подполье
09. Дом
10. Шторм
11. Глаз
12. Непокорный
13. Горячая зона
14. Убежище
15. Прежде, чем я усну
16. Братство
17. Письмо с Пегаса
18. Дар
19-20. Осада, часть 1-2